1993 年以来、理学部数学科は解析数理、構造数理及び応用数理という三つの講座から構成されている。しかしこの講座への分類はゆるやかなもので、理念の中にもあるように、講座を超えた教育研究体制を模索している。各講座の大まかな分野構成については次の通りである。

解析数理講座 いわゆる解析学を中心にした教育研究を展開している。関数方程式、関数解析、複素解析、非線型偏微分方程式等が主な対象である。
構造数理講座 幾何学および代数学の教育研究を展開している。微分幾何、結び目理論、代数幾何、整数論等が主な対象である。
応用数理講座 さまざまなテーマの数学における教育研究分野の展開が可能である。現在では、確率論、計算数学、情報科学、数理工学等が主な対象である。